De film vertelt het verhaal van Mr. Artemis Fowl. Artemis is een 12-jarig genie en de afstammeling van een lange reeks van ‘criminele meesterbreinen’. Artemis gebruikt zijn intelligentie tegen een verborgen groep feeën, die al dan niet in verband staan met de verdwijning van zijn vader. Hierbij komt hij oog in oog te staan met Holly Short, een elf en de eerste vrouwelijke kapitein van LEPrecon – de verkenningsafdeling van LEP (Lower Elements Police) – en Commander Root, de geharde commandant van LEPrecon.